一汽大众奥迪A6L行车电脑显示变速箱故障

2012年1月购车，裸车价538200元，2016年1月止行驶不到9万公里，2015年下半年开始车辆出现冷启动时电脑显示变速箱故障，加油行驶不平稳，而后每个月都会出现好几次类似情形，行驶一段距离后故障灯自动消除，去4s店检查无法确定原因，行驶途中未见异常，也没太在意，后百度查询发现类似故障不少，挺担心的，50多万的奥迪品牌车，行驶不到9万公里，出现如此严重问题，不知如何是好？求救！再次说明：2月25日，南宁炬荣奥迪4S店经过电脑检测，收费484元，得出结论是电脑版故障，要更换电脑版，总费用约合16000元，并说明原可以向厂家申请索赔的，但考虑到车主进一年多一直没在指定的4s店维修和保养，拒绝代索赔，不知电脑版故障是否跟在外面保养有直接关系？求解！50多万的车难道永远要远隔千里也要去省城的店换机油吗？同时上传4S店的维修报价单，变速箱电脑版故障跟没在店保养有直接关系吗？