林肯飞行家配备了四温区电子自动恒温空调，带有空气净化装置以及驻车新风功能。前排空调面板为物理按键设计，在温度调节拨杆上方还配有独立的屏幕以显示温度。第二排的5.8英寸屏幕能够控制后两排的空调温度设置，操作非常简便。
舒适性方面，林肯飞行家的表现绝对堪称顶级水平，美式豪华范儿尽显无疑。座椅材质来自于苏格兰Bridge of Weir出品的Deepsoft高级皮质，驾驶席座椅配有三组记忆，另外腿托也采用了左右分体式设计，能够进行独立调节。前排以及第二排座椅均带有加热及通风功能，此外二排座椅还支持35/30/35分离式放倒，并支持前后滑动和折叠。
