车辆的空调为自动空调，其中前排的空调控制面板集成在了中控屏幕内侧，能够对全车的出风方向进行控制，而后排则是在中央扶手位置设置了独立的空调控制面板，并且支持温度分区，实用性表现出色。此外，车辆还配备了带HEPA滤芯的空气过滤装置，具备3重过滤，能够吸附空气中的细小漂浮颗粒物，配合原厂自带的车载香薰（位于手套箱内），可时刻保持车内空气的清新。
舒适性配置方面，EQS同样将服务重心放在了前排，如坐进车内即可直观感受到的64色氛围灯，尽管是在白天，但视觉效果依旧令人震撼。同时，车辆的前排座椅还支持16向电动调节，配合上长达30cm的前后可调节行程，无论您是170cm的标准身高还是190cm的大个子都能找到十分合适的坐姿。
至于座椅通风、加热、按摩之类的配置在EQS上同样一应俱全，甚至您还可以享受到颈部加热这一项稀有配置，总之，您完全可以把它的前排想象成全新一代S级的后排，舒适性不言而喻。
车辆的后排虽空间不及S级宽敞，但配置方面还是向S级看齐的，再加上较长的坐垫和可调节高度的座椅头枕，乘客的腿部和头部均能得到很好的支撑，乘坐舒适性和长轴版E级相近。
